黏膜給藥是指藥物通過人體黏膜（包括口腔黏膜、鼻黏膜、眼黏膜、肺部黏膜、子宮黏膜等）處的上皮細胞運輸到全身或直接與病變黏膜發生作用的給藥途徑。黏膜給藥能夠有效減少藥物在胃腸道的降解、避免首過效應，從而提高藥物的吸收和生物利用度。

目前，離子液體的黏膜給藥主要是通過口腔黏膜和鼻腔黏膜進行。Vaidya 等將離子液體作為滲透促進劑，與胰島素混合成粘彈性較好的凝膠，夾在可生物降解聚乙烯醇 (polyvinyl alcohol, PVA) 兩層之間，通過殼聚糖固定后，制成了口服給藥的高分子貼片CPVA，在頰黏膜處發揮作用，發現其可以有效克服口腔黏膜障礙，使胰島素在豬口腔組織中的轉運增加了7 倍。

唾液內容物進入該貼片會稀釋凝膠，并允許胰島素持續釋放，以避免明顯的低血糖，實現了良好的血糖水平控制。Li 等用氯化膽堿和蘋果酸合成的離子液體用于改善胰島素的鼻腔給藥。一方面，增加了胰島素的溶解度；另一方面，通過促進鼻黏膜上皮細胞的滲透性，而增強了胰島素的鼻腔給藥降血糖作用，且刺激性小，無明顯毒性，證明了其作為胰島素鼻腔傳遞載體的有效性和生物相容性。